Trong chương đặc biệt về Kakashi, lấy bối cảnh là giữa cuộc đại chiến Ninja lần 3, Minato dẫn đội của mình đi phá huỷ cầu Kannabi để ngăn chặn quân địch. Kakashi lúc này đã được thăng cấp thành Jounin, Minato trao trách nhiệm chỉ huy đội cho Kakashi trong khi bản thân đến giúp lực lượng khác của Làng Lá. Trước khi đi, anh tặng Kakashi 1 thanh kunai đặc biệt như 1 món quà chúc mừng cậu lên Jounin. Thanh kunai này được bọc bởi lá phong ấn nhẫn thuật "Phi Lôi Thần Thuật" (Flying Thunder God Technique), để Minato có thể dịch chuyển đến chỗ Kakashi bất kì lúc nào.

Trong lúc giúp đỡ lực lượng ninja của Làng Lá, Minato đã sử dụng thuật "Phi Lôi Thần Thuật" tiêu diệt toàn bộ lực lượng của ninja Iwagakure (Làng Đá) trong tích tắc. Anh trở lại kịp thời để cứu Kakashi và Rin khỏi 1 nhóm kẻ thù khác, nhưng tiếc rằng đã không kịp cứu Obito, học trò của mình, người đã tặng con mắt Sharingan cho Kakashi trước khi bị đá đè. Khi Kakashi và Rin được chữa trị xong, Minato giúp cả hai hoàn tất nhiệm vụ phá hủy cây cầu Kannabi.

Hokage Đệ Tứ Minato

Sau khi chiến tranh thế giới ninja lần thứ ba kết thúc, Hiruzen Sarutobi - Hokage đệ tam, đã chọn Minato, lúc này chưa quá 30 tuổi, trở thành lãnh đạo của Konoha ở vị trí Hokage đệ tứ chứ không hề chọn Orochimaru. Trong thời gian kế nhiệm, Minato kết hôn với Uzumaki Kushina - chủ thể của Cửu Vĩ Hồ, một nữ ninja xuất thân từ làng Xoáy nước.

Vào thời điểm Kushina mang bầu, Minato đọc được quyển tiểu thuyết đầu tay của Jiraiya, nhân vật chính của truyện là người hùng ninja tên Naruto. Anh cảm thấy nhân vật chính có tính cách rất giống với Jiraiya, một người không bao giờ bỏ cuộc cho đến phút cuối. Hai vợ chồng đều muốn con mình có thể lớn lên và trở thành 1 shinobi như nhân vật trong cuốn sách. Đó chính là nguyên nhân "Naruto" được chọn làm tên cho đứa con trai sắp sinh của họ, cái tên này được Jiraiya nghĩ ra trong lúc ăn mì ramen, lấy cảm hứng từ miếng khoai tỉa hình xoáy trôn ốc dùng để trang trí cho bát mì. Điều đó khiến Jiraiya trở thành cha đỡ đầu và gần như là ông nội của Uzumaki Naruto, ông rất hoang mang và hỏi xem liệu hai vợ chồng Minato có thật sự muốn điều đó. Minato khẳng định Jiraiya là 1 tấm gương tốt, không thể tìm ra 1 shinobi nào tài giỏi hơn ông. Nhưng khi Naruto vừa được sinh ra, Cửu Vĩ phong ấn trong người Kushina đã bị một kẻ đeo mặt nạ giải phóng với mục đích điều khiển Cửu Vĩ phá nát làng Lá. Minato ngay lập tức cùng cóc Glaoadai mabunta đánh nhau với Cửu vĩ, tuy nhiên sức mạnh của nó quá lớn nên anh không thể tiêu diệt nó, đành nghĩ cách phong ấn nó lại. Anh cũng phát hiện ra Uchiha Madara (ta người đằng sau điều khiển Cửu vĩ. Nhận thấy Madara có thể đoán trước hành động của mình, Minato quyết định dùng Cửu vĩ như 1 biện pháp đối phó nhằm bảo vệ Konoha, chống lại Madara, nếu hắn muốn tấn công làng một lần nữa.

Vì làng Lá, Minato quyết định hi sinh tính mạng, sử dụng thuật phong ấn Cửu vĩ vào cơ thể đứa con mới sinh, hi vọng Naruto sẽ sử dụng sức mạnh đó để bảo vệ hòa bình. Tuy nhiên, Minato không nghĩ Naruto có khả năng để điều khiển toàn bộ sức mạnh của Cửu Vĩ mà không ai làm được. Minato liền thực hiện việc phong ấn bằng cách chia chakra của Cửu Vĩ thành hai phần Âm và Dương. Minato phong ấn nửa Dương vào người Naruto bằng phong ấn Bát Đồ Phong Ấn còn nửa Âm bằng phong ấn Thi Quỷ Phong Tận, cắt đứt sự kết nối của nó với Naruto. Để hoàn thành công việc, cả Minato lẫn Kushina đều đánh đổi sinh mạng của mình. Khi Cửu Vĩ biết được nó sắp bị phong ấn vào người Naruto, nó đã định dùng móng vuốt đâm chết cậu bé. Minato và Kushina đỡ lấy cú đâm chí mạng cho con, sau đó thi triển thuật phong ấn. Kushina chết vì bị mất máu quá nhiều và mất vĩ thú, Minato thì bị tử thần đoạt mất linh hồn sau khi dùng Thi quỷ Phong Tận. Họ chết với tư cách những anh hùng vĩ đại nhất làng Lá.

Di nguyện cuối cùng

Ước muốn cuối cùng của Minato là muốn làng Lá nhìn nhận Naruto như 1 người hùng đã giúp bảo vệ cả làng chứ không phải 1 con quái vật đã phá hoại làng. Tiếc thay, chỉ 1 số ít thành viên của làng chấp nhận điều này. Vì vậy Naruto lớn lên trong sự cô đơn, hắt hủi. Suốt tác phẩm, Naruto dần chiếm được niềm tin và sự công nhận của cả làng, nhưng lại dần đi đến kết cục phải đối mặt với Cửu vĩ bên trong cậu. Suốt 1 thời gian dài, Naruto chưa từng biết cha mẹ cậu là ai vì Hokage đệ tam cho rằng sẽ tốt hơn nếu điều đó được giữ bí mật. Naruto lớn lên trong sự bảo bọc lặng thầm của Hokage đệ tam, cậu bé không được biết cha mẹ ruột là ai, cậu cũng không được lấy họ Namikaze mà thay vào đó là họ mẹ - Uzumaki.

Do Minato đã qua đời, Hokage đệ tam buộc lòng phải tái nhiệm chức Hokage, bởi vì ông không kịp chọn người kế nhiệm cho mình. Các ứng cử viên sáng giá như Sannin huyền thoại cũng không thể kế nhiệm lúc đó, Orochimaru đã trở thành kẻ phản bội, Jiraiya và Tsunade thì đi du ngoạn khắp nơi. Hokage đệ Tam ra lệnh cho cả làng không ai được nói gì về việc Naruto đang mang Cửu vĩ trong người, hi vọng những đứa trẻ khác sẽ không ghét bỏ cậu như cha mẹ chúng. Ông cũng cố gắng giúp đỡ Naruto trong cuộc sống hằng ngày, khiến cậu cảm thấy thoải mái nhất có thể. Do đó mà ông rất được Naruto kính trọng.

Minato để lại cho Jiraiya cách mở khóa phong ấn Cửu vĩ bên trong Naruto, để có thể gia cố mỗi khi ấn chú trở nên yếu đi. Biện pháp an toàn cuối cùng của anh là lưu lại hình ảnh của mình trong tâm thức của Naruto, bằng cách để lại một phần chakra trong người cậu bé. Hình ảnh này có thể theo dõi sự trưởng thành của Naruto và có khả năng, chỉ 1 lần, giúp phục hồi sức mạnh của phong ấn như ban đầu.